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凉州的混战在决出胜负之前，东晋的乱局已渐渐拉开了序幕。
殷仲堪虽没得到亲信同僚属的支持，但有王恭的鼎力相助，还是着打定主意和桓玄领兵东下。
397年4月7日，王恭上疏列举了王国宝的罪状，奏章呈上之时，军队也已行动起来。
东晋政府左副行政长官王珣，在司马昌明暴毙之后，眼见司马道子和王国宝肆意乱政，渐渐无心政事，变得沉默寡语，王恭兵变的奏章送到中央后，京师内外，戒严备战，司马道子问王珣说：“两个军区叛变，你知不知道？”
王珣只觉莫名其妙，反问道：“朝廷政治上的得失，我从来没有参与意见，他们反叛，我怎么会知道？”
司马道子顿时尴尬不已，一起跟来的王国宝忙问应对之策，王珣分析说：“王殷二人与你并没有深仇大恨，不过只想争一点权夺一点利罢了。”
王国宝愣了半晌，突然问：“莫非要把我当曹爽？”
王珣沉着脸回说：“这叫什么话！你怎么会有曹爽那么重的罪，王恭又岂能和宣帝相比！”
王国宝自觉失言，但心里又着实慌乱得厉害，回去之后，立即派数百人的军队驻防在竹里，时刻监视着城外的动向。
当天晚上，南京城突降暴雨，驻防在竹里的数百人纷纷四散逃走，局面十分混乱，王绪趁机建议王国宝假传司马道子的命令，征召王珣以及护军将军车胤，然后全都诛杀，以断绝人民对他们的盼望，再要挟皇上和宰相，动员全国的军队讨伐王恭和殷仲堪。
王国宝也意识到司马道子可能不会因为保自己，而与王殷对抗，如果不采取这种极端手段，小命休矣。
可是当王珣和车胤奉召而来时，王国宝却又不敢动手了，慌乱之中反而向二人请教对策，没什么奢望，只求活命而已。
但二人都对王国宝没什么好感，王珣默不作声，车胤更是极尽火上浇油的本事，一本正经地说：“以前桓温包围寿阳，很久很久才把它攻克，而今朝廷发兵攻击京口，王恭一定登城坚守，如果京口还没有攻破，而殷仲堪的军队从上游乘虚而下，你用什么阻拦？”
王国宝果然更加紧张了，精神恍惚，身心疲惫，一夜无眠，次日一大早就上疏辞了所有官职，前往宫门听候处分，希望以此化解灾难。
可是奏章呈递后，他却又后悔了，宣称皇上已下诏恢复自己的官职，准备拼拼运气。
司马道子一向胆小怕事，虽占据宰相和亲王的高位，但由内而外都透露着一股小家子气，对于眼前这种棘手的情形是没有半点主意的，只知不断妥协，以维持表面的稳定，为了避免殷王大军逼近京城，把一切责任全推到王国宝身上，派骠骑将军府高军事参议官、谯王司马尚之逮捕了王国宝，移交司法部审判。
审判只是形式，王国宝已到了非死不可的地步，他若不死，司马道子自觉永不安宁。
4月17日，司马道子以安帝的名义下诏让王国宝自杀，另把王绪绑到闹市斩首，然后派人去见王恭，对自己的过失表达歉意，并希望及早让军队复员，恢复和平。
王国宝的两个哥哥，高级咨询官王恺和骠骑将军府军政官王愉，事后都请求辞职，司马道子认为王恺与王愉不是王国宝同一个母亲所生，而感情又素不和睦，都不再追究。
半路上的王恭，已没了继续发兵的理由，只得返回京口，而殷仲堪虽然承诺王恭起兵，可是一直心存疑惧，不敢东下，听到王国宝已死的消息，才挥师东下，可是此时王恭已经退兵，司马道子也写信给殷仲堪，告知这一经过，殷仲堪也班师回归江陵。
一场内乱勉强告一段落，但举国上下都知道和平只是暂时的，地方官员既已萌生了邪念，不可能轻易恢复如初。
司马道子的继承人司马元显，本年只有16岁，在时朝中担任高级咨询官，也意识到殷王的威胁，提醒父亲早做打算。
司马道子因为痛失亲信，意志正处在消沉期，听到儿子这么说，顿时对他大为欣赏，便任命他为征虏将军，把自己的警卫部队和徐州州政府的文武官员全都配备给他，军国大事全凭他处理。
英雄不问出处，不分男女，更不看年龄，十几岁的孩子当然也能成就一番伟业，可是从司马家族的基因和东晋朝廷的政治环境来看，司马元显即便再有才华，显然也英明不到哪里去，让他接替王国宝的角色，自然也高明不到哪里去。
王恭虽然暂时撤兵，可是刚开始起兵的时候，曾委任王廞暂时代理吴国郡长，并让他在京师东方招募壮士，准备武装叛变。
时任宰相府秘书长的王廞，是王导的孙子，母亲病故不久，正在吴国守丧，接到这项令人热血沸腾的任务，立刻让前吴国郡长虞啸父等人，前往吴兴、义兴一带招兵买马，因为招兵的名义是清君侧，群众都觉十分兴奋，应募而来的数以万计。
可惜王国宝很快被处死，王恭也停止了军事行动，并通知王廞交出兵权，继续回去守丧。
王廞却因起兵的时候，打着报效国家的旗号，诛杀了太多反对自己的人，唯恐失去兵权后遭到报复，于是坚决拒绝接受王恭的命令，并让儿子王泰率领新招募的军队攻击王恭，一面写信给司马道子，大肆指挥王恭的罪状。
司马道子收到这种奏章，顿时有种原地爆炸的冲动，国内才刚平静下来，这个王廞居然又找麻烦，简直是岂有此理，立刻把信送给王恭，以表明自己爱好和平的态度。
王恭本来就窝着火，大军出动却无功而返，如今王廞可是撞枪口上了，得知朝廷的态度之后，便十分坦然地派军政官刘牢之率军五千人，前往讨伐击王泰。
刘牢之可是北府兵的老大哥，战斗力何其强盛，王泰这帮杂牌军根本不是对手，很快便将其斩首，又与王廞在曲阿会战，王廞也遭遇惨败，士卒四散而逃，王廞单人匹马逃跑之后再无音讯。
王廞的同党虞啸父，被逮捕交付司法部审判，按罪也逃一死，但因他的祖父虞潭曾在讨伐苏峻之乱时小有功劳，朝廷因此特地赦免他的死罪，而只贬成平民。
这场小型的内乱就这么收场了，但真正的内乱却刚刚露出苗头，王廞意外成了大乱的急先锋。
王恭平定了王廞之后，对朝廷越发轻视，经常背着中央政府私自调动军队，司马道子对此深为痛恨，为了防患未然，又把谯王司马尚之及其兄弟司马休之，拉拢到身边作为自己的心腹亲信。
司马尚之向司马道子提议说：“如今军区权力太大，宰相权力太轻，应该把你的亲信分派到地方上，作为自己的屏藩护卫。”
司马道子深以为然，于是任命军政官王愉为江州督导官、江州豫州四郡军区司令长官，并和司马尚之日夜商议分割地方大权的计划。
地方与中央的矛盾日益尖锐起来，跋扈的权臣虽然不再，但这一矛盾也足够把国家引入更大的混乱。
(本章完)