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朵颜三卫为朵颜卫兀良哈部、泰宁卫翁牛特部、福余卫乌齐叶特部等三部，居住在辽西，及大兴安岭西侧的长城沿线一带，西到宣府、北靠呼伦x贝尔草原，明初由明太祖设定后一直与明若即若离。
三部经过与蒙古部落间的联姻及历史变迁，朵颜部众分为：朵颜兀良哈部、喀喇沁一部、土默特部一部，还有一些则和翁牛特部、乌齐叶特部并入察哈尔各部中了；到明朝末年，朵颜三卫名称已消失在历史长河里。
林丹汗的突然西征，自己有成吉思汗般统一蒙古草原雄心，面对那面与通商口岸的隔离，加上躲避后金的军事压力；才打击占据了与明通商口岸朵颜兀良哈部、喀喇沁一部、土默特部各部，他没想过他的军事打击彻底将这些部落推向后金，更加强了后金的军事潜力。
他的这次行动，由于明朝救援及时，朵颜兀良哈部、喀喇沁、土默特部虽败退，与原历史相比保存了更多势力；躲过了林丹汗的兵锋后，几个部落在友好的察哈尔各小部落庇护下又回到故地附近疗伤。
这些辽西部落也害怕林丹汗的再次进攻，开始寻求新的盟友；有些部落不可避免向后金求助，这也给了后金一次整合辽西的机会。
大明使者这次来辽东各蒙古部落，除了谈了新的通商条件，也谈了一条不通商前提是不能完全倒向后金；同时也说在后金与林丹汗攻打时，大明会给予救援；至于这些部落相信多少，也只是尽人事，看天意，谁让自己的军力不够强大。
大明方面九边的剿匪到十二月底终于结束了，各部相继回营备战。
这次剿匪基本扫清直隶、山西境内的各部山贼、土匪，治安环境大好，作恶人员被送入各地矿山，浮财奖励给有功人员，粮食则分给了当地百姓。
回营总结后禁军从山海关抽调杨国柱部再次整编成：两个骑兵镇，每镇一万人；六个步兵镇，每镇一万二千人，全军为九万二千人。
编成后步兵全部装备天启六式火枪，原装备调给各边镇，但火炮缺口很大，新式火炮厂还在建设，只有优先保障两个镇，其余平分剩下火炮，直到一年后禁军才慢慢淘汰老式火炮。（详细编制看备注）
禁军主官：梁世勋为总督、朱由检为荣誉总督；卢象升、孙应元为提督；李邦国为总督查；
步兵各镇总兵：一镇卢象升、二镇孙祖寿、三镇曹文昭、四镇马世龙、五镇杨国柱、六镇杜文焕。
步兵六镇分驻：城外丰台、东小口、五里桥三处；城内龙潭、积水潭两处；步兵六镇平时驻城外，执勤住城内；每年在小汤山演练场会操。
骑一镇总兵：孙应元、骑二镇总兵：周遇吉；驻地海淀。
禁军护卫京师，以青龙为守护神；两青龙呈太极、中为金日，蓝白波纹半环绕为徽章，寓意守护京师安危；服装以绛红色为制服颜色，配双龙戏珠，蓝白波纹装饰，人称“红裳军”或“双龙军”。
禁军军旗为“双龙戏珠”，国旗稍作改动：蓝色星星行图案中，两青龙呈太极，中为金日，朱红为底；镇军旗：军旗左侧白底隶书写明各镇番号。
九边三大总督区也开始整编，编制与禁军不同，采用现装备按前军制整编，待火枪产量上来后，再进行装备整编。
蓟辽总督区：原二十一万编制，实际额度十三万，招三万兵，新编出十五万；其中步军八万，车营两万，骑兵三万；辽东镇九万、蓟镇三万、山海镇三万（东江镇没接受整编）。
宣大总督区：二十一万编制，实际额度十一万，先后补充进五万屯田兵，整编成十五万；其中步军十万，车营两万，骑兵三万；宣府镇五万、大同镇三万、昌平镇两万五千、太原镇两万、保定镇（真保）两万五千。
三边总督区：原十七万编制，实际额度八万，招了五万，整编成十四万；其中步军八万，车营两万，骑兵四万，榆林镇四万、宁夏镇三万、固原镇两万、甘肃镇三万、西安镇两万
三大总督区，蓟辽与宣大在天启七年地就逐步完成了，三边总督区因地域大、灾情重直到崇祯一年四月才完成整编。
整军特点：整顿客军、家丁，统一军饷、统一供给；开荒土改，开垦荒地、卫所改革；整合部落，打散民众，精壮入伍；严惩变乱，重罪砍头、轻罪劳教；整编余下兵全部改编成辎重营修路去了。
九边共整出四十四万大军，三十四万是军饷减半的皇庄田兵，十万募兵。
军费目前都是由内库出，由当地皇家商号代发军饷和处理军需，银作监依据上报名册核对下拨饷银，由都知监及东厂监管；两年后才逐步转交给军方的后勤机构和监管机构，为此军方还从商号和内宫抽调了些人进行培训。
为发军饷，商号总掌柜齐赞元想出个办法：花名册四份，一份存档、一份报内宫；商号拿的是代号加体征，军营拿是代号加名字。发军饷时商号和军营各拿名单，军官念姓名、士兵报编号、商号对特征无误，士兵画押拿钱到边上挂墙上的朱由检彩色半身画像前行军礼。
齐赞元这个法子让朱由检大为赞赏，还想到画像的另外一个作用。
不久朝廷和内宫印绶监所属印刷坊就接到超级大单，数百万份大小不一皇帝彩色半身画像；印刷坊接到订单，对着皇帝画像雕版后；先印刷白描像，再让画工上色，阴干出货。
先是军队、衙门、各商号，慢慢勋贵、大臣，再到寻常百姓家里，都挂上了朱由检的彩色半身像。
一个组织随着画像的推广也慢慢浮出水面——忠君社；最先殿前直军、禁军、厂卫，后到讲武学堂、太学和科学院，慢慢各地的忠君社被组织了起来。
军饷和军需绕过户部和兵部，让内阁和六部极为不满；找皇帝要全权，朱由检说：把前面内库垫资的三百五十万还回来就可以，如果户部没钱，还是想着怎么提高税收；不许乱搞摊派，不许加农税；其结果不言而喻，文臣们没辙。
但这样做使银做监、八局和皇家商会增加不少人手，于是很多兵部和户部的比较清廉的官员跳槽了，地方上很多精通钱粮吏员的跳槽了。
朱由检自己挖自己墙角行为，惹得一些人在思考，更多人反对，这些人想不出招数，却想要皇帝交出内库管理权这种昏招；这些人立马会被客气请回老家，如自己屁股不干净就更麻烦了，更有些人在一边窃喜，相互串联……。
让江南士族苦恼的事也多了，先是各地来的商品，让市场上的衣服、鞋帽、布匹的价格下降了；皇家在江南的三个织造局有开工的意向，织造局匠户所被整改一新，匠户欠薪也补了；也有些信心人发现江南的桑田价格波动很大，不少桑田已易主。
南京的孝陵卫指挥使李三才被魏忠贤请走了；原登莱总兵张可大京从北京禁军带了五百人与又从湖南、湖北各皇庄调来六千人，组建了殿前直军孝陵卫，负责孝陵和南京皇宫安全。
一时南京疯传皇帝将整治南直隶了，可皇帝并没动，只是一些价格离谱稀奇物件开始在南京出现，那些勋贵和士族子弟确毫不犹豫的就买下了，相互攀比着。
一切又恢复了原样，但一些议论在江南士族间传开了，就是当今皇帝昏庸无能、重用奸邪，大明亡国之相已现；可就是奇怪没见厂卫有所行动，有些士族欣喜若狂，开始四处串连……。
可更奇怪的是，新招安的靖海伯郑之龙给钱家五千两银子赔罪后，将他的儿子郑一官送到北京读皇家讲武学院去了。
备注：
1、按班、排、连、营、团、旅、镇为军制，军职对应：班长、排长、连长、营长、团长、旅长、总兵；军衔分：兵士、军士、校尉、都尉、将军；均按三级分，按军衔定军饷。
连为基本单位：军士10人为班、3班为排，共5排，军士150人；10排长、2军士长、3鼓手、4军官（一正两副一军法官）合计：169人。
营：6连加6名军官（1正1副1军法，3赞画）合计：1020人；
团：2营、虎蹲炮连，团部10人（含警卫5人）合计2100；
旅：2团、1个直属排、2个炮连、旅部30人（含警卫班）合计4500人；
镇：2旅、1个直属营、10个炮连、镇部360人（含警卫连、医院及后勤连等）合计12000人
炮兵基本单位是炮兵连：分3个炮排、每排2门，共6门炮；每炮10人，共60人；军官6人；辅助54人，共120人。
虎蹲炮连：6门虎蹲炮，每门6人，4军官，共40人；
旅附属：2个弗朗机炮连；
镇附属：4个弗朗机炮连，4个8磅拿破仑炮连，2个12磅拿破仑炮连；
一镇共有：48门虎蹲炮、36门弗朗机炮、24门8磅炮、12门12磅炮，共120门大小火炮。
2、步兵连编制参照拿破仑时期法军编制；炮兵编制参照美南北战争时期两军编制。
3、参考文献《皇帝的刺刀》、《线式战术时代的战争艺术》；朵颜三卫历史借鉴蒙古部落网站文章。