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卫渊离开后的第二十天，东京人类幸存基地的人员开始从四个分基地向总基地汇聚。
因为这个世界的环境开始迅速的恶化，残存的大概一千多万的死体，竟然开始出现进化。
那些本就是紫金花体的特殊感染者，更是获得了更进一步的进化。
那些植物也开始显性变异，好些大型食肉植物开始出现在城市当中。
最为致命的是各种昆虫的变异！
那些小虫子本来并不是各种病毒的主要宿主，但是现在它们已经开始变异了。
尤其是巨型食肉蟑螂！
东京数万的幸存者的生存开始受到威胁，经过了一翻抗争之后，他们不得不做出将资源和人口都迁到一起，争取最大力量抱团取暖的决定。
……
自从卫渊和郝萌萌离开这个幻界，这个幻界的“腐坏”就开始加速了。而且是越来越快！
当他离开三十天的时候，作为普通人的幸存者已经不能离开基地的高墙了，因为外边的世界对于普通人来说，已经无比致命。
只有那些觉醒者和经过数次鞠川静香强化的调查官，才能带着各种库因克武器，组队去收集物资，维持日常消耗。
只是，就算是那些对于普通人来说，相当于是小超人存在觉醒者调查官，在外边的折损率也极高。
这一个月里，就连特级调查官都折损了两人，而且在一次尸潮进攻中，为了击杀对高墙极有破坏力的坦克暴冲者，四名准特级调查官壮烈牺牲。生存环境越发的恶劣了！
虽然幸存者中，觉醒者的数量也开始变多，那些已经觉醒并经过强化的调查官们也在变得更强，那些人类的身体素质也在这种不正常的“进化”之中快速变强，但是和大自然的万物相比，速度还是太慢了。
到了第四十天，幸存者基地用来防御空中威胁，同时也是标志性建筑的巨型卡巴内金属热气球——稽爆天星号，被3阶上的觉醒变异金雕摧毁。
从此，幸存者基地对外界的探索越发的艰难，再也不能远走。此时热武器已经基本耗尽。
第五十天，几乎走在人类进化最前沿的藤美四大天王折损两人，藤女二雄和首山耻三郎为了掩护大部队撤退而牺牲。
第五十六天，最高层之一，同时也是特级调查官，整个基地最高战力之一的日下部圣炎与来犯的巨型寄生虫猛犸象同归于尽。
第六十一天，同样是最高层的清水健一郎为了争取时间抢运粮食，力战三天三夜，最终被无穷的进化尸潮吞没。
第六十五天，雀河名死战死，临死重创了不停偷袭人类幸存者的T病毒进化体猎杀剑齿虎。
第六十七天，春日六番与女友桐生苍战死。
此时无数的变异植物，已经开始侵蚀人类的造物。那些高楼大厦被各种植物扎根而垮塌，仅仅两个月下来，人造痕迹就开始消退了。尤其是东京圈边缘的地方，几乎看不出有过人类建筑的样子。
第七十天，尸潮打破基地大门，险些攻破基地，不得已使用了爆破装置，彻底的封死大门口，自此基地再无踏出高墙的能力。
为了能够爆破大门，彻底的阻断进攻的尸潮，井豪永以身做饵牺牲了自己。而按下爆破按钮的是他的死党小室孝。
之后小室孝和宫本丽抱头痛哭，宫本丽说她从来都没有忘记小时候说过要做小室孝新娘。以后要和小室孝相依为命。
第七十八天，血战数日，艰难击退进化尸潮，高墙下尸体堆叠形成斜坡。此次战斗后，基地内幸存者数量不足两万。
死者绝大多数是在城墙上战死，也有小部分是被那些善于潜入和偷袭的生化怪物杀死，还有很多受不了这种必死无疑的绝望压力，自杀了。
第八十八天，外城墙已经失守，被全面放弃，幸存的五千人进入地下内城。平野户田和中冈麻美抱在一起引爆了自身的库因克武器，为大部队断后。
第九十二天，为了防止巨型肉食蟑螂的骚扰，不得已堵死了各种地下通道。剩下的两千多人已经是在苟延残喘。库因克狙击手南里香重伤不治。
第一百天，一只高达五十米，由无数尸体组成的超巨型融合体，实力达到4阶的怪物，彻底的将幸存者基地夷为平地。
自此，幸存者数量不足十人，人类宣告灭绝。
天地开始模糊，变得混沌，东京圈边缘的封锁也开始消散。
天开始向下沉，地开始变得薄弱，天地之间开始如同混沌一样变得模糊，如同雾气，渐渐合拢……
残存的几个幸存者在不同的地方，看着这天通天地初开的一幕。
重伤濒死，但是面无表情的桂言叶，静静地看着天空。她身上卫渊给的各种保命物品都已经用尽了。卫渊走后，再无人能够指挥得了她，她只是在凭借本能在战斗。
大胸校医，运气超好只受到了一些擦伤的鞠川静香，倚在一块断裂的混凝土上，安静的看着世界的变化。
断了一只手臂，但是凭借着卫渊给的究极库因克武装和治疗药剂，硬是挺到了最后的竹取百合子，看着雾气渐渐包裹而来。十天前，她的女儿高城沙耶因为重伤和病痛死在了她的怀里。
一条陆人仅剩下上半身，却也只有脑袋和一只手臂露出在外，剩下的部位被垮塌的建筑压住。
……
卫渊在离开幻界之后，曾经花费了好些物资卡留了后手。
远山良太能够保存重置记忆，卫渊也要试一试让其他人也保留记忆。
他前后和十几个人说了这个幻界存在的真相，并且利用物资卡和灵魂源质，为其强化灵魂，争取复制远山良太的经历。
如今居然只剩下四人。
此时，世界已经开始重置了。
幸存者们看到了远处天边是蔚蓝的天空，几丝云彩散乱的在天上飘荡。那边的世界好像是东京外，又不太一样。而东京圈一线之隔的这边，却如同天地重开一般混沌不明。
物质开始粉碎泯灭，黑暗和虚空降临了……
等到尘埃落地，众人再次睁眼回神，发现自己已经不在那废墟中了。
看看周围的一切，好像之前那两百天经历的，都只是一场噩梦一样！
脑袋里好些东西纠缠在一起，好像有什么东西想不起来，又有很多记忆互相矛盾。
藤女二雄放下手中画笔，拿起手机给自己的好友首山耻三郎打电话。
“喂，三郎啊！我刚才好像睡着了。做了一个很有意思的梦，但是我没记住内容。”
那边首山耻三郎回道：“巧了，刚才我也忽然来了灵感，有了好点子，要不咱俩一起花一本漫画吧！”
“好呀！画什么题材的？”
“生化末日的如何？”
“正合我意！”